国家自然科学基金面上项目： 线粒体DNA 6mA 甲基化调控小鼠胚胎干细胞自我更新和分化的功能研究， 32270627，主持， 2023.01-2026.12。

北京市自然科学基金-海淀原始创新联合基金： 神经母细胞瘤治疗型circ-SHPRH抑制rRNA转录机制及其表观遗传修饰优化， L232083， 合作参与， 2023.11- 2026.12。 

细胞的生命过程源于基因信息的有序表达。作为基因表达调控的“调度器”，表观遗传赋予生命以更复杂多样的表型变化，其精细化调控确保生命程序稳定而有序地运行。我们聚焦这一“生命操作系统”，研究其如何通过核酸表观修饰在不同细胞类型、发育阶段与疾病状态下动态调控基因表达。我们希望回答两个核心问题：i）表观遗传信息如何被建立、读取与维持？ii）能否以可编程、微扰的方式重写这些信息，从而用于重大疾病的诊断与治疗？本课题组致力于综合运用化学生物学、表观遗传学、核酸化学，并结合AI辅助等多学科手段，探索表观遗传在复杂生命体系中的生物学功能与调控机制，拓展核苷（酸）类似物在疾病诊断与治疗中的应用。主要研究方向如下：

（1）新型核苷/核苷酸类药物的设计、合成与功能评估；

（2）线粒体基因组可及性与拓扑调控的功能研究；

（3）发展新型DNA/RNA化学修饰表征方法与表观遗传基因编辑工具。

1. Hao Z.#, Wu T.#, Cui X., Zhu P., Tan C., Dou X., Hsu K, Lin Y, Peng P, Gao Y., Zang L., Hu L., Sun H, Liu J., Wu K, He C. “N6-deoxyadenosine Methylation in Mammalian Mitochondrial DNA”, Mol. Cell, 2020,78:382-295. [Highlighted in Nature Reviews Molecular Cell Biology]

2. Luo G.#, Hao Z.#, Shen  M.,  Sparvoli  D,  Zheng  Y, Zhang  Z,  Weng  X,  Chen  K, Cui Q, Turkewitz A, He C, “N6-methyldeoxyadenosine directs nucleosome positioning in eukaryotic DNA”, Genome Biol., 2018, 19:200.

3. Hao Z., Zhu R., Peng C, “Genetically encoded fluorescent sensors for measuring transition and heavy metals in biological systems”, Curr. Opin. Chem. Biol., 2017 43:87-96

4. Zhu R.#, Hao Z.#, Lou H., Song Y., Zhao J., Chen Y., Zhu J., Chen P. “Structural and mechanistic study of the cysteine oxidation-mediated induction of the Escherichia. Coli MarR regulator”. Tetrahedron, 2017, 73:3714-3719.

5. Hao Z.#, Lou H.#, Zhu R., Zhu J., Zhang D., Zhao B., Zeng S., Chen X., Chan J., He C* and Chen P*. “The multiple antibiotic resistance regulator MarR is a copper sensor in Escherichia coli”, Nat. Chem. Biol., 2014, 10:21-8. [Recommended by Faculty of 1000, highlighted in Chemistry World]

6. Hao Z., Hong S., Chen X, Chen P. “Introducing bioorthogonal functionalities into proteins in living cells”, Acc. Chem. Res., 2011, 44:742-51.

7. Hao Z., Song Y., Lin S., Yang M., Liang Y., Wang J. and Chen P. “A readily synthesized cyclic pyrrolysine analogue for site-specific protein ‘click’ labeling”, Chem. Commun., 2011, 47: 4502-4504.