团队是以病原遗传进化为研究主线，关注宿主（患者）个体内病原变异的异质性，通过开发病原基因组学新技术和生物信息学算法研究为突破，系统、动态、全面的研究病原微生物变异在个体内由低丰度到高丰度发生、筛选、累积和传播过程，从而明确病原在宿主内变异的分子机制。目前，团队围绕 “以病原变异为特色”的免疫和病原基因组学领域，已形成多学科的交叉学科团队，具有临床/预防医学、病原生物学、免疫学、分子生物学和生物信息学等多学科交叉教育及研究背景。本团队由北京世纪坛医院生物医学创新中心12位研究人员组成。其中高级职称2名，副高7名。团队成员主持国家级项目19项（国家自然科学基金18项）、省部级9项，其中包括科技部重点课题1项，北京市重点课题1项。团队成员以第一/通讯作者（含共同）共发表SCI文章227篇，覆盖传染病、病原生物学、呼吸病学、干细胞、肝脏病学等多学科SCI杂志，总影响因子超500次，总引用超3000次。

主持的项目：

1.      2020-2022首都临床诊疗技术研究及转化应用: 基于宏基因组测序的耐药菌分子监测平台建设(Z201 100005520040)。

2.      2019-2021国家重点研发计划政府间国际科技创新合作重点专项：个体内CRE预诊断系统在ECMO支持前瞻性队列中的应用研究（2018YFE9102500）。

3.      2016-2019  国家自然基金：我国艰难梭菌主要流行株不同分子分型的微生态环境研究（81571956）。

4.      2014-2017  国家863重大项目子课题：微生物数字资源集成和信息服务关键技术研发 (2014AA021505)。

5.      2013-2016  国家863重大项目子课题：热带、高原等特殊地理环境的重要野生动物携带的病原体谱系(81290345)。

6.      2013-2016  十二五国家重大专项子课题：基于细菌基因组序列的分型技术（2013ZX10004-221）。

7.      2012-2015  国家自然基金：我国新发现的A-B+型艰难梭菌的基因组多态性及进化特征研究（81201322）。

8.      2011-2015  十一五重大专项子课题：重大传染病应急处置检测技术平台（2011ZX10004-001）。

9.      2010-2013  国家重点实验室面上项目：16SrDNA指纹识别图谱库的构建及应用（011SKLID206）。

参与的项目：

1.      2013-2016  国家自然科学基金：四型分泌系统在艰难梭菌中的多态性及其与A、B毒素外排关联性的研究（81301402）

2.      2013-2016  国家自然科学基金：不同克隆群热带假丝酵母菌毒力特征及其编码基因遗传规律的研究（81301409）

3.      2013-2016  十二五重大专项子课题：结核病新型疫苗研究（2013ZX10003006-002）。

4.      2013-2014  北京市科委合作课题：首都生物信息云计算业务发展模式研究-云计算服务模型下生物信息学发展研究

5.      2013-2016 国家自然科学基金委员会（NSFC）与加拿大卫生研究院（CIHR）健康研究合作计划项目：中加合作研究新发人兽共患病原体猪链球菌（812111251）

6.      2013-2016  国家科技支撑计划课题：创伤和重症急救技术研究（2012BAI11B00）

7.      2012-2015  国家自然科学基金：中国羊种布氏菌遗传与分子流行病学特征研究（81271900）

8.       2011-2014  国家自然科学基金：临床核糖体型别不同的艰难梭菌A、B毒素基因多态性研究（81301402）

9.      2011-2012  重点实验室项目开放项目：基于个性化、自动化定制分析流程的微生物研究平台

10.     2012-2015  十一五重大专项：传染病实验室监测核心技术和技术体系研究（2012ZX10004215）

人才计划：

1.      2016-2018北京市科技专项，北京市科技新星 （Z161100004916101）

2.      2015-2018北京市卫生系统高层次卫生技术人才 （2015-3-107）

主要研究领域包括：

1.      病原与宿主免疫系统的共进化研究

2.      基于组学技术的病原与宿主的功能基因组学研究

3.      细菌关键生物元件在基因组中的水平转移及临床干预

重要学术论文 （通讯作者＊，第一作者＃）

1.      Hua M#, Duan A#,Li Q#, Yue J, Liu X, Yuan L, Liu J, Chen C*. Alteration of microbiota and immune response of mice gavaged withKlebsiella oxytoca. Microbes Infect. 2022 Apr 9:104977.

2.      Li NN#, Li W#,Feng JX#, Zhang WW, Zhang R, Du SH, Liu SY, Xue GH, Yan C, Cui JH,Zhao HQ, Feng YL, Gan L, Zhang Q, Chen C*, Liu D*, Yuan J*. Highalcohol-producing Klebsiella pneumoniae causes fatty liver disease through 2,3-butanediolfermentation pathway in vivo. Gut Microbes. 2021 Jan-Dec;13(1):1979883.

3.      Li J#, Du P#,Yang L#, Zhang J#, Song C#, Chen D#,Song Y, Ding N, Hua M, Han K, Song R, Xie W, Chen Z, Wang X, Liu J, Xu Y, GaoG, Wang Q, Pu L, Di L, Li J, Yue J, Han J, Zhao X, Yan Y, Yu F, Wu AR, Zhang F*,Gao YQ*, Huang Y*, Wang J*, Zeng H*, Chen C*. Two-step fitness selection forintra-host variations in SARS-CoV-2. Cell Rep. 2022 Jan 11;38(2):110205. 

4.      Song Y#, ChenC#, Wang Y#, Zhang J#, Chen M, Gao G, Wang S,Yang D, Song R, Wang L, Xie W, Yu F, Yan L, Wang Y, Zeng H*, Zhang F*. Earlyand consecutive RT-PCR tests with both oropharyngeal swabs and sputum couldimprove testing yield for patients with COVID-19: An observation cohort studyin China. Int J Infect Dis. 2021 Jun;107:242-246.

5.      Zhang J#, Ding N#, SongY#, Song R#, Pan Y#, Wang L, Yan S, Wang Q, Ma S, Wei L, Yu F, Lu L*, Zhang F*,Chen C*, Zeng H*. Phylogenomic tracing of asymptomatic transmission in aCOVID-19 outbreak. Innovation (N Y). 2021 Mar 22:100099.

6.      Ju Zhang#,Nan Ding#, Lili Ren#, Rui Song#,Danying Chen#, Xuesen Zhao, Budong Chen, Junyan Han, JiaruiLi, Yangzi Song, Lin Di, Kai Han, Fengting Yu, Ruming Xie, Zhihai Chen, WenXie, Jingyuan Liu, Shan Cen, Yuhai Bi, Angela R Wu*, Fujie Zhang*,Chen Chen*, Hui Zeng*, COVID-19 reinfection in thepresence of neutralizing antibodies. National Science Review,nwab006.

7.      Pengcheng Du#,Nan Ding#, Jiarui Li#, Fujie Zhang#,Qi Wang#, Zhihai Chen#, Chuan Song, KaiHan, Wen Xie, Jingyuan Liu, Linghang Wang, Lirong Wei, Shanfang Ma, Mingxi Hua,Fengting Yu, Lin Wang, Wei Wang, Kang An, Jianjun Chen, Haizhou Liu, Guiju Gao,Sa Wang, Yanyi Huang, Angela R. Wu, Jianbin Wang*, Di Liu*,Hui Zeng* & Chen Chen*. Genomicsurveillance of COVID-19 cases in Beijing. Nat Commun 11, 5503(2020).

8.      Chen Chen#, Jizhou Li#, Lin Di#, Qiuyu Jing#,Pengcheng Du#, Chuan Song, Jiarui Li, Qiong Li, Yunlong Cao,X.Sunney Xie, Angela R. Wu*, Hui Zeng*, Yanyi Huang*and Jianbin Wang* . MINERVA: A Facile Strategy for SARS-CoV-2 Whole-Genome Deep Sequencing of Clinical Samples. Mol Cell. 2020 Dec17;80(6):1123-1134.e4.

9.      Pengcheng Du#,Chuan Song#, Rui Li#, Yangzi Song#,Jiarui Li, Nan Ding, Ju Zhang, Rui Song, Junyan Han, Guiju Gao, Jinglin Yue,Ang Duan, Yanyi Huang, Jing An, Jianbin Wang*, Fujie Zhang*,Chen Chen*, Hui Zeng*. Specific Redistribution ofSevere Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Variants in the RespiratorySystem and Intestinal Tract. Clinical Infectious Diseases, ciaa1617.

10.   Chen Chen#, Guiju Gao#, Yanli Xu#, Lin Pu#, Qi Wang#,Liming Wang#, Wenling Wang, Yangzi Song, Meiling Chen, LinghangWang, Fengting Yu, Siyuan Yang, Yunxia Tang, Li Zhao, Huijuan Wang, Yajie Wang,Hui Zeng*, Fujie Zhang*. 2020. Sars-Cov-2–Positive Sputumand Feces after Conversion of Pharyngeal Samples in Patients with Covid-19. Annals of Internal Medicine, 2020 Jun 16;172(12):832-834.

11.   Jing Yuan#,*, ChenChen#, Jinghua Cui#, Jing Lu#, ChaoYan#, Xiao Wei, Xiangna Zhao, NanNan Li, Shaoli Li, Guanhua Xue,Weiwei Cheng, Boxing Li, Huan Li, Weishi Lin, Changyu Tian, Jiangtao Zhao, JuqiangHan, Daizhi An, Qiong Zhang, Hong Wei, Minghua Zheng, Xuejun Ma, Wei Li, XiaoChen, Zheng Zhang, Hui Zeng, Sun Ying, JianXin Wu, Ruifu Yang*, DiLiu*. 2019. Fatty Liver Disease Caused by High-Alcohol-Producing Klebsiellapneumoniae. Cell Metabolism, 30(4): 675-688.e7.

12.   Li J#, Du P#,Ye AY, Zhang Y, Song C, Zeng H*, Chen C*.GPA: A Microbial Genetic Polymorphisms Assignments Tool in Metagenomic Analysisby Bayesian Estimation. Genomics Proteomics Bioinformatics. 2019Feb;17(1):106-117.

13.   Chen C#,*, Jiang D#, Ni M#, Li J#, Chen Z, Liu J,Ye H, Wong G, Li W, Zhang Y, Wang B, Bi Y, Chen D, Zhang P, Zhao X, Kong Y, ShiW, Du P, Xiao G, Ma J, Gao GF, Cui J, Zhang F, Liu W, Bo X, Li A*, Zeng H*, LiuD*. 2018. Phylogenomic analysis unravels evolution of yellow fever virus withinhosts. PLoS neglected tropical diseases,12(9):e0006738.

14.   Du P, Zhang Y, ChenC*. 2018. Emergence of carbapenem-resistant hypervirulent Klebsiellapneumoniae. Lancet Infect Dis, 18(1):23-4.

15.   Huang Y#, CaoY, Li J, Liu Y, Zhong W, Li X*, Chen C*, Hao P*. 2018. A survey oncellular RNA editing activity in response to Candida albicans infections. BMC genomics. 19(Suppl 1):43.

重要奖项

1.  序列7型猪链球菌在中国的显现、暴发和应对研究；中华预防医学会科学技术奖科技奖一等奖； 2019年

2.  序列7型猪链球菌在中国的显现、暴发和应对研究；中华医学科技奖二等奖； 2019年

重要学术任职

1.  中国医疗保健国际交流促进会分子诊断学分会  常务委员

2.  中国生物工程学会生物信息学分会  常务委员

3.  中国微生物学会微生物生物安全专业委员会  青年委员