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2008年9月至2009年8月学习于日本结核病研究所，2016年8月至2017年7月学习于美国国立卫生研究院。现任首都医科大学附属北京胸科医院结核三科主任，主任医师，教授，博士研究生导师。兼任中国防痨协会结核病临床专业分会主任委员，北京医师协会结核病专科医师分会会长，中华医学会结核病学分会非结核分枝杆菌病专业委员会主任委员。研究方向：耐药结核病的诊断和治疗；非结核分枝杆菌病的诊断和治疗;结核病新型诊断标志物研究。先后承担“国家重点研发计划”、“国家科技重大专项重大传染病防治专项”、“国家科技重大专项重大新药创制专项”、“NIH 洲际结核病前瞻性生物样本库”等课题，曾获 “北京市科技新星计划”、“ 北京市高层次公共卫生人才学科带头人”等资助。主编《非结核分枝杆菌病的诊断和治疗》。
1.国家重点研发计划“病原学与防疫技术体系研究”“结核病早期诊断干预关键技术与耐药结核病治疗体系研究”项目，任务负责人，2024 年-2027 年，资助金额 35 万；
2.北京市高层次公共卫生人才建设项目（学科带头人-03-08），负责人，2024年-2026年，资助金额90万；
3.国家“十三五”传染病防治重大专项“NAT-2基因多态性用于优化结核性脑膜炎治疗方案”（2018ZX10302302-004）负责人，2018年-2021年，资助金额262万元。
代表性论著
1. Bao S, Chen S, Zheng J, et al. Efficacy of clofazimine-containing regimens for treatment of Mycobacterium avium complex-pulmonary disease in patients unsuitable for standard treatment regimen. Int J Antimicrob Agents, 2023,63(2):107061. （通信作者）
2. 孔瑶瑶，姜广路，黄海荣，等. 蟾分枝杆菌肺病3例病例报道并文献复习. 中华结核和呼吸杂志. 2021，44(5):474-480.
3. Shao L, Qiu C, Zheng L, et al. Comparison of diagnostic accuracy of the GeneXpert Ultra and cell-free nucleic acid assay for tuberculous meningitis: A multicentre prospective study. International Journal of Infectious Diseases. 2020, 98 (2020): 441–446. (通信作者)
4. Duan Hongfei, Chen Xiaohong, Li Zhihui, et al. Clofazimine improves clinical outcomes in multidrug-resistant tuberculosis: a randomized controlled trial. Clin Microbiol Infect. 2019;25(2):190-195.
5. Duan H, Han X, Wang Q, et al. Clinical Significance of Nontuberculous Mycobacteria Isolated From Respiratory Specimens in a Chinese Tuberculosis Tertiary Care Center.Sci Rep. 2016, Nov 3;6:36299.
其它代表性成果：
初乃惠，段鸿飞. 非结核分枝杆菌病诊断与治疗. 北京:人民卫生出版社, 2019
陶勇，段鸿飞. 《T/CHATA 045—2024眼内结核诊断规范》
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